Et åbent bibliotek med 200 millioner proteinmodeller

Fra enkeltproblem til fælles ressource

Den 28. juli 2022 udvidede DeepMind og EMBL-EBI AlphaFold-databasen til mere end 200 millioner forudsagte proteinstrukturer. Databasen dækkede dermed næsten alle de på daværende tidspunkt katalogiserede proteiner. EMBL-EBI beskrev samlingen som en ressource på tværs af mere end en million arter. Adgangen var åben og gratis.

Formen giver forskerne spor

Proteiner er lange kæder af aminosyrer, der folder sig i tredimensionelle former. Formen hjælper forskere med at undersøge, hvad et protein gør, og hvordan det kan indgå i biologiske processer. AlphaFold beregner modeller af strukturerne. En tilgængelig model kan derfor give et forskerhold et udgangspunkt for nye spørgsmål og forsøg. Den gør ikke i sig selv et forskningsresultat færdigt.

Åben viden har praktisk værdi

Det særligt interessante er kombinationen af beregningskraft og deling. Et hold behøver ikke begynde med at fremstille alle strukturelle hypoteser fra bunden, hvis en relevant model allerede ligger i databasen. Samtidig kan mange forskere arbejde videre med samme offentligt tilgængelige materiale. EMBL-EBI fremhævede netop åben videnskab som en vigtig del af fremskridtet.

En model er stadig en model

Det er vigtigt at bevare ordet forudsagt. De millioner af poster er ikke millioner af uafhængige laboratoriemålinger eller færdige behandlinger. Modeller skal vurderes i forhold til det konkrete spørgsmål og den øvrige dokumentation. Den positive historie er derfor et nyt fælles arbejdsredskab for biologien, med mulighed for at gøre vejen fra idé til undersøgelse kortere.